Nel 1240 Federico II di Svevia fece guerra alla Chiesa attaccando lo Stato Pontificio, e a tale scopo assoldò circa 20000 saraceni, a cui dette la città di Lucera.
Essi si mossero da lì e misero a ferro e fuoco molte città e castelli, uccidendo, facendo prigionieri, profanando chiese e macchiandosi di orribili sacrilegi. Nel mese di settembre arrivarono alle porte di Assisi e ormai varcati i confini del monastero delle Clarisse, esse, come ci racconta Tommaso da Celano nella "Vita di Santa Chiara Vergine": "Corsero a santa Chiara che era gravemente inferma e, con molte lacrime, le dissero come quella gente pessima avevano rotte le porte del monastero. Ed essa le confortava che non temessero […] ma armate di fede ricorressero a Gesù Cristo. E giacendo santa Chiara sulla paglia, inferma, si fece portare una cassettina d’avorio dove era il Santo Corpo di Cristo consacrato e si fece portare incontro a quella mala gente. E orando devotamente […] “Pregoti, Signor mio, che ti piaccia che queste tue poverelle serve, le quali tu, Signore, hai nutricate sotto la mia cura, che non mi siano tolte né tratte di mano, acciò che non vengano nelle mani e alla crudeltà di questi infedeli e pagani; onde pregoti, Signor mio, che tu le guardi, che io senza di te guardarle non posso e massimamente ora in questo amaro punto”. A questo priego, dalla cassettina che aveva dinnanzi reverentemente, si uscì una voce, come di fanciullo e, udendola tutte le suore, disse: “Io per tuo amore guarderò te e loro sempre” […]». (Vita di santa Chiara vergine, Opusc. I,21-22, in FF 3201, pp. 1915-1916)."
Gli islamici, dunque, scapparono sentendosi come scacciati da una forza misteriosa e così rinunciarono all'assedio.
Nel 1241, tuttavia, l'Imperatore, che nel frattempo era stato scomunicato, per l'ostilità nei confronti della città di Assisi, a causa della sua fedeltà al Papa, preparò un nuovo attacco.
Dinanzi a questa minaccia incombente, Santa Chiara radunò le sue consorelle e comandò un giorno di digiuno, dopo di che, con il capo coperto di cenere, in atto di profonda umiltà e penitenza, si prostrarono in adorazione dinanzi al Santissimo Sacramento. La mattina del 22 giugno, allora, un violento temporale costrinse le truppe nemiche alla ritirata.
Il Monastero e la città furono nuovamente salvi grazie a questi straordinari Miracoli Eucaristici, procurati dalla sconfinata fede di Santa Chiara nell'Eucaristia, nel Sacramento del Corpo e del Sangue di Cristo, dalla sua fervente preghiera, insieme alle consorelle, e dai suoi altissimi meriti. Tutto ciò ch'ella, infatti, desiderava, era difendere Cristo, le sue figlie e la città, essendo unita totalmente a Gesù ed intimamente a sorella povertà, per portare la salvezza a tante anime, trovando la sua unica ricchezza, il suo solo bene, nella Santissima Trinità.